Misi Madrasah Tsanawiyah Al Ma’ruf Kartayuda Kedungtuban adalah:

1. Melaksanakan pembelajaran dan bimbingan secara aktif, inovatif, kreatif, efektif, dan menyenangkan (PAIKEM) dengan dilandasi nilai religi, logika, etika, estetika, dan kinestetika.
2. Melaksanakan pembelajaran disertai dengan pengamalan, bersikap dan berperilaku sesuai ajaran ahlussunnah wal jama’ah.
3. Menyelenggarakan pembelajaran, pembiasaan dalam mempelajari Al Qur’an dan Sunnah sebagai pedoman dalam menjalankan ajaran Islam.
4. Mengoptimalkan penggunaan perangkat pembelajaran untuk mencapai prestasi dalam bidang akademik dan nonakademik.
5. Meningkatkan pengetahuan dankompetensi tenaga pendidik sesuai dengan perkembangan dunia pendidikan.
6. Mengembangkan potensi intelektual, bakat dan minat para siswa.
7. Menyelenggarakan tata kelola madrasah yang efektif, efisien, transparan dan akuntabel.